Su Lamethal inizia intanto il risveglio degli abitanti ibernati…
Il prof trova diverso materiale su una leggenda antichissima: che esista davvero una regina che governa l’umanità cedendo il posto al successore ogni mille anni e per questo chiamata Regina dei mille anni? Yayoi torna nella sua stanza dicendo di voler tornare a Tokyo. Yamui capisce che è lei la Regina dei mille anni e di aver avuto l’onore di servirla per mille anni…
Sulla Terra iniziano a cadere meteoriti. Preoccupato per Yayoi, Hajime va a cercarla nonostante il pericolo. Raggiunto l’edificio, trova tutto distrutto fino a che si imbatte nella Guardiana che, con un’ascensore, lo conduce nel sottosuolo, nel rifugio fatto costruire appositamente dalla Regina. Poi lo lascia con Mirai nella città sotterranea, sotto Tokyo, dove c’è il cimitero delle regine rimaste sulla Terra. Mirai lo conduce al cospetto della Regina dei mille anni che gli dice che dovranno abbandonare la Terra come molti stanno già facendo. Dovranno usare l’Arca (che è il rifugio stesso). Il ragazzo ritrova lì lo zio, condottovi da Yamui, e Yayoi…
Su Lamthal intanto la regina Lareela manda a chiamare Farad. Lei è felice perché a breve si impossesseranno della Terra e sarà lui a dirigere le operazioni…
La rotta di Lamethal viene modificata. Yayoi è combattuta e Selene le rivela che non ci sarà nessuna collisione perché i Lametheliani trasborderanno sulla Terra ormai deserta per impossessarsene. Farad l’ha tradita. Ma lei, con i suoi pirati dei mille anni, lotterà contro i lametheliani invasori. Yayoi convoca allora Yamui (alias Lars Ers Miryu) che le confessa di essere al servizio di Farad, con l’ordine di sorvegliarla. Ma lui l’ha sempre amata… Lei ha deciso: lotterà per difendere la Terra che ama più del suo pianeta natale. Poi va dal prof Amamori, nella sala controllo, per dirigere le operazioni…
Il ponte tra i due pianeti si crea e Yayoi fa decollare la città/Arca… La nave pirata di Selene inizia intanto lo scontro con i lametheliani…
Promesium chiede spiegazioni a Farad che conferma quanto sta succedendo e ciò le arreca un immenso dolore…
Selene è abbattuta e da Lamethal Farad fa partire la nave madre che per raggiungere la Terra dovrà prima distruggere l’Arca. Lì a bordo, Hajime riconosce in Yayoi la regina e scopre che l’arca è stata costruita da suo padre così come la nave di Selene. Il ragazzo decide allora di combattere con i vecchi veivoli e armi contenuti nel museo di storia. Con lui vanno Yamui, lo zio e gli altri terrestri ospitati sull’Arca. A Yamui Farad ordina di ritirarsi ma lui, fedele alla regina, rifiuta e come un kamikaze si schianta con l’aereo contro la nave madre che atterra comunque. Lo scontro si sposta sulla terraferma…
Promesium invoca Mirai affinché i loro spiriti si uniscano. Le regine del passato prendono così vita e iniziano a lottare contro gli invasori con le loro navi spaziali. Promesium va poi a parlare con Laarela che le spiega che l’invasione della Terra è l’unica e ultima speranza di salvezza per Lamethal. Poi la colpisce con un raggio per aver tradito, sotto gli occhi addolorati di Farad cui… il sopraggiunto Hajime spara. Lareela lo affronta ma… Promesium si rialza e spara. Farad, ancora vivo, si immola per fermare Laarela che, con le poche forze rimastele, tra le lacrime, cerca di raggiungere la Terra. Ma l’attacco delle regine del passato provoca la distruzione della Nave Madre. L’Arca ritorna sulla Terra dove Hajime assiste la ferita Promesium che gli rivela che i genitori sono morti per costruire nave e motori dell’Arca e della nave di Selene…
Un’altra galassia si sta avvicinando alla Terra ma la guardiana dice che distruggerà solamente Lamethal… Promesium muore lasciando un messaggio d’addio ad Hajime che, al funerale, si commuove nel farle l’ultimo addio. La guardiana gli dice che, forse, con la reincarnazione i due si incontreranno ancora nel futuro. La salma ascende nel paradiso delle regine dei mille anni che, ai lati, a poco a poco scompaiono al suo avanzare… Lo zio incoraggia Hajime: la Regina si sarà sicuramente sentita felice per aver salvato la sua amata Terra…
